第4条1により、米軍が日本に施設を返還する場合、その土地を元通りに回復する義務を負わない。この規定は返還前の通りに人家等を建て直したり、補償をしたりする義務を負わない、と言う意図で作られたものだと考えられるが、実際には返還後の土壌からPCBなどの有害物質が発見される事例があり、これらの土壌の除染作業を日本政府が行なう必要が生じている。アメリカ国内ではたとえ軍施設であっても環境基準の遵守を義務付けられており、“日本では更地に戻しさえすればよい”と解釈されている疑いがある。
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第28条で有効性が“日米安全保障条約の有効期限に倣い有効”と定められている。よって、協定に基づく施設のための敷地借用は契約更改手続きをする義務がない。
将兵の地位 [編集]
第9条第2項により、将兵・軍属は外国人登録の義務がない（「合衆国軍隊の構成員は……外国人の登録及び管理に関する日本国の法令の適用から除外される」）。日本への出入国に際しては米軍施設を通じて入境すれば出入国管理の対象外で、また営外居住の場合は誰がどこに住んでいるのか把握出来ない。
軍車両は「軍務」として証明を取れれば有料道路通行料は日本政府負担となる。この「軍用車両有料道路通行証明書」が際限なく発行され、私用のレンタカー、果ては団体観光旅行「ヨコタツアー」にまで使用されている[2]。自動車の取得に当たっては、日本人・在日外国人を問わず車庫証明の提出が義務付けられているが、沖縄では基地外在住であるにも拘らず将兵・軍属が「保管場所は基地内」と強弁し、証明を提出せず自動車保管場所確保の義務を免れている疑いが2008年5月に浮上[3]。
また“米軍関係者の拘禁に当たっては習慣等の相違に考慮を払う”と定めた「地位協定に基づく日米合意」により、横須賀刑務所に収監されている米兵服役者は食事などで日本人服役者に比べて厚遇されている事が判明した[4]。このような拘留中の厚遇は他の外国人では殆ど例がない[5][6]。
その他 [編集]
AFN他、米軍無線局には電波法は適用されない。アメリカの連邦通信規則（FCC Rule）に則る定めになっている。
「日米地位協定の考え方」 [編集]
2004年1月13日、沖縄県の地方紙琉球新報が「日米地位協定の考え方」と題する文書を公表した。これは、外務省が日米地位協定の具体的な解釈をまとめた、とされる文書で、この中では日米地位協定の文言以上に米軍の利益を擁護する解釈が示されており、地位協定を改定するべきであると主張する人々は、この「考え方」も問題点の一つだと主張しているが、外務省は文書の存在を否定している。
なお、軍事目的で派遣される軍事的組織が、被派遣国の法律に拘束されることは傭兵以外は稀で、自衛隊のイラクへの人道派遣でさえ、「イラク国内では、連合国暫定当局（Coalition Provisional Authority）命令17号で、イラクの刑事、民事、行政法の適用を受けず、イラク側に逮捕、拘束されないこと、クウェートとは同様の免除を認めた地位協定を結んでいる。[7]」など、軍事的行動が現地法律によって阻害されないようにとの配慮から、あらかじめこの様な取り決めを派遣要請当事国と行うことは通常の事である。だが日本の場合、在日米軍裁判権放棄密約事件などにより実質的に軍事的行動以外の行動も制限されないのが現状である。